Técnicamente, no hay ninguna diferencia. Los nombres de dominios son visibles en todo Internet, sin importar el sufijo.

Administrativamente, el dominio ".CL" representa nombres de dominios inscritos en Chile y que son administrados por NIC Chile. En cambio los dominios ".com", ".net", ".org" u otros, como “.info”, “.biz”, etc, son de carácter genérico (no involucran una ubicación geográfica) y su registro es administrado por varias empresas y entidades en forma coordinada a través de todo el mundo.

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